Héctor Moreno llegó a la Selección Nacionalen octubre de 2007, previo a la copa del mundo de Sudáfrica 2010, cuando Hugo Sánchez lo debutó en un partido amistoso contra Guatemala.

Después de 17 años como seleccionado nacional y con cuatro mundiales encima, Héctor Moreno ha decidido dar un paso al costado del Tricolor después su participación en el Mundial de Qatar 2022.

Con el Tricolor, Moreno disputó 132 partidos entre encuentros oficiales y amistosos, además de haber anotado cinco goles con el conjunto nacional, además de haber ganado dos veces la Copa Oro, la primera en 2011 y la segunda en 2019.

Además de esto, el defensor que juega en Rayados de Monterrey disputó dos veces la Copa Confederaciones, en 2013 y en 2017, en la primera cayendo en la primera ronda y con Juan Carlos Osorio quedó en el cuarto lugar.

Héctor Moreno es uno de los jugadores que ganó la Mundial Sub-17 del 2005 en Perú, venciendo a Brasil en la final en Lima.