Tras haber concluido su participación con el San Luis en el Apertura 2012, José Luis Trejo terminó por quedar inactivo en el Futbol Nacional. No obstante, el diario chileno, El Mercurio asegura que el club Universidad de Chile busca hacerse de los servicios del timonel mexicano, quien se dio a conocer internacionalmente, hace más de una década, cuando dirigió al Cruz Azul subcampeón de la Copa Libertadores 2001.

Tras haberse formalizado la contratación de Javier Aguirre con el Espanyol de Barcelona, los dirigentes del club andino se fijaron en otro técnico azteca para ocupar el banquillo de su club, en sustitución de Jorge Sampaoli, quien ahora dirigirá a la selección de Chile.

Dentro de las conquistas de Trejo están el título con los Tuzos en el Clausura 2006, y haber llegado a la final de la Libertadores, misma que Boca Juniors le arrebató a su Cruz Azul en ronda de penales.