El FC Barcelona nunca ha podido hasta ahora derrotar al FC Bayern a domicilio y el balance de tres visitas a la capital bávara en competiciones europeas es de dos empates y una derrota.
El balance de los partidos contra el Bayern en el Camp Nou también es negativo para el Barcelona, con dos derrotas y una victoria, pese a que ésta, un 4-0 contundente en la Liga de Campeones de 2009, es probablemente el enfrentamiento más recordado.
La primera vez que los dos equipos se vieron las caras fue en la semifinal de la Copa de la UEFA en 1996.
En la ida en Múnich el Barcelona logró un empate en Múnich 2-2 con goles de Oscar García y el rumano Georghe Hagi. Los goles del Bayern los marcaron Marcel Witeczek y Mehmet Scholl.
Pese a que ese resultado parecía una buena renta, el Bayern sorprendió al Barcelona en la vuelta en el Camp Nou y se impuso por 1-2 con goles de Markus Babbel y de Witeczek. El gol del Barcelona lo marcó Horacio de la Peña.
En la fase de grupos de la Liga de Campeones en la temporada 1998/1999 el Barcelona perdió en Múnich por 1-0, con gol de Steffan Effenberg. En el Camp Nou, el Bayern repitió la victoria (1-2) con goles de Alexander Zickler y del bosnio Hassan Salihamidzic mientras que el tanto del Barcelona lo hizo el brasileño Giovanni.
El último emparejamiento de los dos equipos se dio en cuartos de final de la Liga de Campeones en 2009. La ida se jugó en el Camp Nou donde el Barcelona pasó por encima del Bayern y liquidó el partido con un 4-0 con dos goles de Lionel Messi, uno del camerunés Samuel Eto’o y otro del francés Thierry Henry.
Se trata de la derrota más alta encajada por el Bayern en su historia en las competiciones europeas.
La vuelta en Múnich se saldó con un empate 1-1 con goles de Frank Ribery, para el Bayern, y Keita, para el Barcelona.