La Foquita Farfán inició su carrera como jugador profesional en las filas de Alianza Lima, donde también cerró vistiendo los colores de ese equipo. “Jefferson, gracias por querer tanto a la blanquiazul. Te vamos a extrañar siempre, 10 de nuestro corazón”, escribió el equipo.
Asimismo, Jefferson jugó alcanzó a dar el paso al Viejo Continente, donde militó en equipos como el PSV Eindhoven, Schalke 04, Lokomotiv y el Al-Jazira, para después regresar a su país y terminar su historia donde inició.
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Finalmente, con la Selección de Perú, la Foquita Farfán disputó la Copa del Mundo de Rusia 2018 y obtuvo un subcampeonato de la Copa América en 2019. También disputó las ediciones del torneo sudamericano en 2004, 2007 y 2015.